明治・大正時代の那覇港
明治新政府が樹立され1879年（明治12年）琉球処分が行われると、沖縄にも火車と呼ばれる汽船が就航するようになった。
1884年（明治17年）には鹿児島と大阪を結ぶ定期航路が開設された。
そして次第に港は整備され、1907年（明治40年）には本格的な湾岸工事が開始されたのである。
当時の奈良原知事は港の整備は主要事業であると考え、大正時代初期には1200トン級の船舶3隻が横付けできる桟橋を架設した。
1925年（大正14年）には那覇港に水深7.5メートル、幅145メートルの岸壁が完成し、3000トン規模の船も付けることが可能となった。
この岩壁が出来る前は港へ荷物を積み下ろすために小さな船に積み替えていたが、この岩壁の完成によって海上運送の効率化が進んだのである。
昭和に入ると数回の拡張工事が行われ、1941年（昭和16年）には4500トン級1隻、2000トン級3隻が同時に港につけるようになった。
しかし1944年（昭和19年）、第二次世界大戦によって那覇港は壊滅的な被害を受け、使用不能に陥った。
物資の輸送が止まり、経済的な影響もとても大きかった。
県民にとっても、また米軍にとっても那覇港は重要な拠点であったことから、戦後すぐに復興が望まれたのである。
戦後の那覇港
第二次世界大戦後那覇港は米軍に接収され、1951年（昭和26年）に那覇、泊港は大規模な改修工事が行われ、那覇港は20000トン級、泊港は3000トン級の船舶が係留可能となった。
1954年（昭和29年）に那覇港の北岸は琉球政府に、泊港は那覇市に返還され、それぞれが管理・運営をすることとなった。
しかしこのころから沖縄の経済が活発化してくると、港湾取扱い貨物量が年々増大していき、既存の港では対応ができなくなり新しい港の整備が必要とされた。
そこで安謝地先に新港の開発計画が進められ、1969年（昭和44年）に新港が着工され、その2年後に完成している。
本土返還の直前に那覇港・泊港・新港を一元化して那覇市が管理を行い、これが現在の那覇港となる。
沖縄返還後には、湾港計画が進められ、産業や観光の振興に寄与するような施設や大橋などの工事が進められていった。
2002年（平成14年）には那覇港管理組合が設立し、2006年（平成18年）には日本で初めて純民間企業によるターミナル「那覇国際コンテナターミナル株式会社（NICTI）」の運営がスタートしている。